使用指南
平台上已安装常用应用软件，平台使用Environment Modules以模块的形式对环境变量进行管理。在高性能计算集群系统中，安装有多种软件及其不同版本，它们需要设置不同的环境变量，Environment Module可以将这些环境变量做成模块文件（modulefile）。模块可以被加载(load)、卸载(unload)、切换(switch)等，这些操作会改变相应的环境变量设置，让用户方便的在不同环境之间切换。
以下列出module常用的一些命令：
module help # 显示帮助信息
module avail # 显示已经安装的软件环境
module load # 导入相应的软件环境
module unload # 删除相应的软件环境
module list # 列出已经导入的软件环境
module purge # 清除所有已经导入的软件环境
module switch [mod1] mod2# 删除mod1并导入mod2
以下是module使用示例：
查看集群现有软件库：
module avail
查看集群可用的intel版本：
module avail intel
导入intel/2017u5软件环境：
module load intel/2017u5
清除所有通过module导入的软件环境：
module purge
GNU编译器套件
GCC（GNU Compiler Collection，GNU编译器套件）是由GNU开发的编程语言译器。GNU编译器套件包括C、C++、Objective-C、Fortran、Java、Ada和Go语言前端，也包括了这些语言的库（如libstdc++，libgcj等）。
GCC使用方法如下：平台上安装了多个版本的gcc，可以直接通过module加载使用；加载gcc编译器代码如下：
module load gcc/7.3.0
VASP
VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中最流行的商用软件之一。
VASP提交作业步骤如下：
1.创建工作目录
2.通过xftp传输工具将（INCAR、KPOINTS、POSCAR、POTCAR）等文件传输到该目录下。
3.使用vi、vim等编译器在该目录下编写slurm脚本。
4.下面slurm脚本以vasp5.4.4为例。
作业脚本名称可以自定义，内容如下：
#!/bin/bash
#SBATCH -J test #作业名称
#SBATCH -p cpu #队列名称
#SBATCH -n 64 #作业使用核数
#SBATCH --error=%J.err #作业错误输出
#SBATCH --output=%J.out #作业日志输出
module load intel/2017u5 vasp/5.4.4 #加载 intel和vasp5.4.4 环境
mpirun -np 64 vasp_std #vasp 运行命令，-np 数值需要和上面-n 数值一致
scontrol show job $SLURM_JOBID #作业信息输出
5.使用sbatch命令+作业脚本文件名称提交作业。例：sbatch vasp.sh
若提示作业ID则代表作业提交成功，使用squeue命令可查看作业状态。作业计算完成后使用xftp将作业结果从服务器上下载到本地。
Gromacs
Gromacs是用于研究生物分子体系的分子动力学程序包。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子，进行分子能量的最小化，分析构象等。同时它是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。它的模拟程序包包含Gromacs力场(蛋白质、核苷酸、糖等)，研究的范围可以包括玻璃和液晶、到聚合物、晶体和生物分子溶液。
Gromacs提交作业步骤如下：
1.创建工作目录
mkdir gromacsJob1
cd gromacsJob1
2.将运行gromacs需要的相关文件上传到该文件夹下
3.在该文件夹下编写作业脚本，并命名为gromacs.sh，脚本内容如下：
#!/bin/bash
#SBATCH -J test
#SBATCH -p cpu
#SBATCH -n 64
#SBATCH --error=%J.err
#SBATCH --output=%J.out
module load gcc/7.3.0
module load openmpi/3.1.1
/gpfs/share/software/gromacs/2021.3_gpu/gcc_7.2.0/opempi_3.1.3/bin/GMXRC.bash
mpirun -np 48 /gpfs/share/software/gromacs/2021.3_gpu/gcc_7.2.0/opempi_3.1.3/bin/gmx_mpi mdrun -deffnm md1-cluster0 -dlb yes
4.提交作业
sbatch gromacs.sh
Fluent
FLUENT是用于模拟具有复杂外形的流体流动以及热传导的计算机程序。它提供了完全的网格灵活性，用户可以使用非结构网格，例如二维三角形或四边形网格、三维四面体/六面体/金字塔形网格来解决具有复杂外形的流动，甚至可以使用混合型非结构网格。软件允许用户根据解的具体情况对网格进行修改（细化/粗化）。
fluent作业运行步骤如下：
1.通过xftp上传执行fluent程序所需要的文件（.cas .dat）.cas和.dat后缀文件的名字自定义。
2.编写fluent.jou文件。
.jou文件是fluent的脚本文件，fluent.jou文件需要单独编写。
以下是fluent.jou脚本编写框架:
fluent分瞬态和稳态
稳态的fluent.jou写法:
/file/read-case C-10.cas ###算例输入文件###
/file/read-data C-10.dat ###算例输入文件###
/solve/iterate 1000 ###算例跑多少步，根据实际情况改步数###
exit
yes
瞬态的fluent.jou写法:
/file/read-case C-10.cas ###算例输入文件###
/file/read-data C-10.dat ###算例输入文件###
/file/auto-save/data-frequency 500 ###算例500步自动保存一次，根据实际情况改保存步数###
/solve/set/time-step 0.0001 ###算例步长为0.0001，根据实际情况改###
/solve/dual-time-iterate 50000 80 ###算例总共跑50000步，每步迭代80次###
exit
yes
3.编写slurm脚本文件:
#!/bin/bash
#SBATCH -J test
#SBATCH -p cpu
#SBATCH -n 64
#SBATCH --error=%J.err
#SBATCH --output=%J.out
srun -n 64 hostname -s > hostlist ###将主机名写到hostlist文件，给fluent调用
/fs0/software/ansys/17.1/v171/fluent/bin/fluent -ssh -g 3ddp -t64 -cnf=hostlist -mpi=intel -i fluent.jou
参数释义:
-g run without GUI or graphics（无需图形或图形即可运行）
-t<x> specify number of processors <x>（指定处理器数量）
-cnf=<x> specify the hosts file（指定主机文件）
-mpi=<mpi> specify MPI implementation; <mpi>={openmpi | intel | ...} （指定 MPI 实现）
-i=<journal> read the specified journal file（读取指定的日志文件）
维度和精度: 2d(2维单精度)、2ddp(2维双精度)、3d(3维单精度)和3ddp(3维双精度)
Lammps
主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作，一般来讲，分子动力学所涉及到的领域，LAMMPS代码也都涉及到了。
lammps作业运行脚本示例:
#!/bin/bash
#SBATCH -J test
#SBATCH -p cpu
#SBATCH -n 64
#SBATCH --error=%J.err
#SBATCH --output=%J.out
module load intel/2017u5 #加载intel环境变量
module load lammps/7Aug19 #调用lammps环境变量
mpirun -np 64 lmp_mpi < in.cutting
scontrol show job $SLURM_JOBID
提交作业:
sbatch lammps.job