本章让用户快速掌握如何使用高性能计算平台CPU2队列提交作业。
用户在获取上机账号后,Linux/Mac用户可直接使用系统通过ssh命令:ssh 用户名@sc2.nuaa.edu.cn登录队列,Windows用户则可以通过ssh客户端(例如Xshell)登录集群(注意,队列首次登录详细步骤见下一章),为了方便文件传输,可同时下载并安装Xftp,安装完后点击软件左上角新建连接,输入IP和用户名密码即可登录。
登录集群后,编写作业脚本,并通过sbatch指令将作业提交到计算节点上执行;此外,CPU2队列上安装了常见的计算软件,通过module指令导入计算环境。假设我们的计算过程为:在计算节点上运行hostname指令,那么就可以这么编写作业脚本:
#!/bin/bash
#SBATCH -J test
#SBATCH -p cpu
#SBATCH -n 64
#SBATCH --error=%J.err
#SBATCH --output=%J.out
Hostname
假设上面作业脚本的文件名为job.sh,通过以下命令提交:
sbatch job.sh
CPU2队列安装了常见的计算软件,可以通过module指令导入计算环境;
可以通过module加载平台上装有的软件环境,也可以自行安装配置需要的计算环境,下面的作业脚本加载了intel/2017u5的软件环境,具体可用的软件环境可使用命令module avail指令进行查看。
#!/bin/bash
#SBATCH -J test
#SBATCH -p cpu
#SBATCH -n 64
#SBATCH --error=%J.err
#SBATCH --output=%J.out
module purge
module load intel /2017u5